最新(xīn)的組織透明成像技(jì )術
今天聊聊最新(xīn)的組織透明成像技(jì )術。
從哲學(xué)的角度來看,人的認識是一個從簡單到複雜,然後又(yòu)從複雜到宏觀的循環,在這個循環中(zhōng),随着科(kē)學(xué)技(jì )術的發展,人們對人體(tǐ)結構和功能(néng)有(yǒu)了更深層次的理(lǐ)解,自然也就有(yǒu)了從更大的角度,去研究細胞、組織,乃至器官之間的生理(lǐ)和病理(lǐ)過程。藥物(wù)制造也很(hěn)好地反映了這一哲學(xué)進程。所以,大型、厚組織的影像,就成了必然的發展方向。
顯微鏡作(zuò)為(wèi)眼見為(wèi)實的最佳工(gōng)具(jù),在生物(wù)醫(yī)學(xué)領域有(yǒu)着極為(wèi)重要的作(zuò)用(yòng)。生物(wù)樣品歸根結底都是三維的,但是因為(wèi)不透明組織或者厚尺度樣品對光的散射,想要對深層組織成像是個很(hěn)大的挑戰。以往常用(yòng)的辦(bàn)法就是先把厚的組織切成很(hěn)多(duō)2-D的薄切片後再用(yòng)顯微鏡看,這樣做的缺點就是制樣成像過程慢,破壞整體(tǐ)的内部結構,重建繁瑣不精(jīng)确,樣品損毀不可(kě)重複用(yòng)。目前基于這種物(wù)理(lǐ)切片方法中(zhōng),使用(yòng)最先進成像系統(如fMOST)處理(lǐ)一整個鼠腦也需要一周多(duō)的時間。
顯微鏡最好的“眼見為(wèi)實” 工(gōng)具(jù),它在生物(wù)醫(yī)藥領域發揮着極其重要的作(zuò)用(yòng)。生物(wù)樣本最終具(jù)有(yǒu)三維結構,但由于不透明或厚度較大存在光散射等問題,難以實現對深層組織的成像。傳統的方法是将較大的組織切割成二維的薄片,然後在顯微鏡下進行觀察,但這種方法存在制作(zuò)速度較慢、對整個内部結構造成損傷、重構複雜且不能(néng)重複使用(yòng)等問題。目前,利用(yòng)fMOST等先進影像技(jì )術對全鼠大腦進行分(fēn)析,耗時超過一周。
在過去的一百多(duō)年裏,科(kē)學(xué)家們試圖通過各種方法将樣本變得透明,這樣才能(néng)更好的觀察到物(wù)體(tǐ)的全貌,但直到最近十年,都沒有(yǒu)任何進展。兩個技(jì )術方面的原因:一是由于光學(xué)顯微鏡自身的原因,二是由于化學(xué)因素造成的。
另一種方法是利用(yòng)激光共焦、雙光子、轉盤式等光學(xué)顯微術來實現集成成像。然而,現在的顯微鏡卻有(yǒu)一個無法克服的問題,那就是組織過厚,導緻了反應遲鈍和光漂白。和光學(xué)比起來,化學(xué)才是最難解決的。不同組織的厚樣本會導緻觀察結果受到以下因素的影響:
還有(yǒu)一種方法
1、色素能(néng)吸收可(kě)見光,阻礙入射光線(xiàn),比如血紅蛋白、肌紅蛋白、黑色素等。
2、由内源熒光分(fēn)子(膠原、酪氨酸,黃素等)或者在制樣過程中(zhōng)引入的熒光信号(戊二醛,多(duō)聚甲醛等)産(chǎn)生的背景信号。
3、最關鍵的是,大部分(fēn)生物(wù)樣本中(zhōng)含有(yǒu)油脂,呈現乳白色或者不透明,這就造成了高信噪比的成像困難,這也成為(wèi)了進行深層組織顯像的主要瓶頸。該現象的産(chǎn)生源于光的散射,即光線(xiàn)在分(fēn)子、細胞膜、細胞器、細胞等不同的生物(wù)組織中(zhōng),會受到不同程度的折射,散射和吸收,造成了巨大的信号損失。
光在同一種物(wù)質(zhì)中(zhōng)傳輸,方向不可(kě)能(néng)是一百年,因此,将不同器官的折射率調整到同一或相近,才能(néng)克服上述技(jì )術難題,這才是現代透明技(jì )術的最終目标。下面是透明化示例:
由于不同樣本的化學(xué)内部環境差異較大,且分(fēn)子在不同内部環境下具(jù)有(yǒu)不同的特性,因此,不同的透明工(gōng)藝對不同樣品的影響與變形也不盡相同。該研究方向可(kě)以分(fēn)為(wèi)兩大類:一是借鑒Spalteholz近似理(lǐ)論,發展出一種新(xīn)型的基于水的透明技(jì )術。其中(zhōng),水基透光法有(yǒu)3種:1)無源将待測樣品侵入折射率相匹配的溶液中(zhōng),2)先除去油脂,然後再進行水化,3)對試樣進行主動或被動脫油,最後将試樣浸入折射率相匹配的溶液中(zhōng)。
水基透明法是一種無毒的、對被測物(wù)不産(chǎn)生變形(部分(fēn)會導緻試樣體(tǐ)積膨脹)、不會對浸入式顯微鏡的物(wù)鏡造成損害。然而,該方法的透明性較差,僅能(néng)用(yòng)于小(xiǎo)型樣品,且前處理(lǐ)流程繁瑣,操作(zuò)難度大,耗時數周。
透明的溶劑通常可(kě)以獲得更好的光學(xué)效應,比如大腦中(zhōng)富含脂肪的物(wù)質(zhì)。但它的氣味很(hěn)難聞,而且有(yǒu)毒,會破壞物(wù)鏡的正常結構,還會讓一些樣本變小(xiǎo)。其中(zhōng)一大局限在于,在脫水性的同時,去除了對蛋白質(zhì)發光至關重要的水分(fēn)子。随着透明技(jì )術的迅速發展,3DISCO、iDISCO等基于溶劑的透明方法在很(hěn)大程度上解決了這一問題,但仍存在諸多(duō)的不足。
新(xīn)的透明化技(jì )術正在被開發出來,用(yòng)來解決老技(jì )術中(zhōng)存在的一些問題,比Pegasos、3DISCO、FluoClear、 uDISCO、 Scale 、SeeDB、CLARITY、CUBIC、SWITCH、CUBIC-R、Bone Clarity等。
透明化的步驟在此不具(jù)體(tǐ)講解了,感興趣的話其實可(kě)以專門開一篇文(wén)章,下圖是個簡單的透明化流程說明。
透明化技(jì )術的進步,也促進了影像學(xué)的進步。現有(yǒu)的透明物(wù)體(tǐ)成像方法主要有(yǒu)共焦法、雙光子法和片光法等。
共聚焦和雙光子
當樣本變得透明後,光學(xué)散射效應被大大降低,制約其成像性能(néng)的關鍵是樣本的擺放位置和物(wù)鏡的工(gōng)作(zuò)距離。當前大多(duō)數顯微鏡生産(chǎn)企業已開發出超長(cháng)工(gōng)作(zuò)距離(>5毫米)、高 NA (>0.8)的光學(xué)顯微鏡。因此,無論是激光共焦技(jì )術還是雙光子技(jì )術,都可(kě)以用(yòng)于透明物(wù)體(tǐ)的成像。在透明材料中(zhōng),由于其具(jù)有(yǒu)更高的激發效率和較小(xiǎo)的多(duō)色串色幾率,因此其在透明材料中(zhōng)的應用(yòng)将更加廣泛。除非是在不太透明的情況下,或者是用(yòng)到了近紅外光。
然而,目前最大的問題就是其成像速度。1000mm³大鼠的大腦,如果用(yòng)20x/1.0NA的目标像,需要4200,000幅圖像(假定視場為(wèi)500um,步長(cháng)為(wèi)1um。)因此,激光共焦與雙光子技(jì )術僅能(néng)對透明樣本的一小(xiǎo)部分(fēn)進行探測。簡單地說,用(yòng)共焦技(jì )術或者雙光子技(jì )術來觀察幾毫米乃至幾厘米大小(xiǎo)的樣本,就像是拿(ná)着一把解剖刀(dāo)去劈柴一樣。
光學(xué)顯微鏡的巨大優勢在于對透明化樣品的速度。不管是自搭建還是商(shāng)業化光學(xué)顯微鏡,都可(kě)以做到20幀以上。Luxendo公(gōng)司的MuVi-SPIM-CS雙攝像機(見下圖),能(néng)夠實現2048×2048幀的全幀圖像(超過70幀/幀)比如在正常情況下,它可(kě)以在四小(xiǎo)時掃描一顆完整的老鼠大腦(單色,60ms,100個視野,2300個z軸,4μ m)
傳統的片光顯微鏡都是通過柱面反射鏡和低信噪比來獲得片晶,因此其成像分(fēn)辨率較低。随着新(xīn)型光片顯微術的出現與發展(振鏡式或空間3光調制模塊可(kě)産(chǎn)生光片、貝塞爾光片、晶格光片等),分(fēn)辨率已成為(wèi)制約其發展的重要因素。當選擇相同的成像物(wù)鏡時,在一定的條件下,光學(xué)顯微鏡的分(fēn)辨率要高于共焦鏡。更為(wèi)關鍵的是,通過多(duō)個角度的掃描,結合軟件進行數據融合,可(kě)以得到XYZ三軸近似的三維成像結果,這将為(wèi)大樣本的三維研究,,特别是透明樣本的研究提供更好的手段。
以上就是光片顯微鏡的一般優點,但在與透明性結合使用(yòng)時,一開始并沒有(yǒu)太大的優勢。隻是因為(wèi)1,透明的有(yǒu)機溶劑會破壞鏡片。2、對透明試劑的折射率要求很(hěn)高。所以一開始,市面上的一些産(chǎn)品,都是水性的,不能(néng)用(yòng)有(yǒu)機溶劑,不然會損壞鏡片。有(yǒu)些使用(yòng)了隔離玻璃來保護鏡頭不受損傷,但是這種方法會極大地降低清晰度,由于研究的需要,目前已有(yǒu)幾種能(néng)夠校正溶液介質(zhì)折射率的超長(cháng)焦距透鏡,如MuVi-CS所采用(yòng)的兩種物(wù)鏡:
10×/0.5NA,工(gōng)作(zuò)距離5.5mm,可(kě)通過物(wù)鏡校正環适配折射系數1.33-1.51;
20x/1.0NA,工(gōng)作(zuò)距離 8mm,可(kě)通過物(wù)鏡校正環适配折射系數1.44-1.50;
這樣的物(wù)鏡可(kě)以匹配目前幾乎所有(yǒu)的透明化成像技(jì )術的溶液,而切通常不會損傷鏡頭。
科(kē)學(xué)研究的大數據處理(lǐ)是現代影像學(xué)研究中(zhōng)一個不容忽視的重要環節。例如,2 kx2K16比特的 sCMOS攝像機,每個圖像的存儲空間為(wèi)8 MB。就拿(ná)透明老鼠大腦來說,10x10的視場,每一個視場的 Z值是2300個,那麽攝像機就需要1.8 TB的數據。如果你想要多(duō)色,多(duō)個角度(比如0度,90度),那麽你需要的數據就會成倍的增加。這給我們提出3個新(xīn)的問題:1)如何處理(lǐ)每秒(miǎo)接近吉比特的海量數據?2)海量的數據是如何被存儲的?3)該數據是怎樣進行分(fēn)析和處理(lǐ)的?這就造成了,很(hěn)多(duō)人明明有(yǒu)了原始數據,卻連一個初步的成果都沒有(yǒu)得到。
要把數百 G的資料複制到你的移動硬盤上,就得花(huā)上好幾個小(xiǎo)時,更别說進行分(fēn)析了。這可(kě)不是一台好的計算機那麽簡單,還涉及到 IT基礎設施,包括數據結構、硬件配置、傳輸、存儲、計算等等。但随着超級計算機、雲計算、量子計算機等領域的快速發展,以及圖像壓縮等技(jì )術的不斷完善,上述問題有(yǒu)望從根本上得到解決。從目前的商(shāng)業化産(chǎn)品來看, Luxendo和 Acquifer等公(gōng)司都提供了一種專門的數據存儲和處理(lǐ)方案,其數據傳輸速率不低于800 MB/s (可(kě)以高達2 GB/s),數據存儲量達到 PB,通過 RAID結構來确保數據的安(ān)全性,還可(kě)以通過 GPU并行計算來實現圖像融合與分(fēn)析。
透明腦樣品約2mm樣品Z方向的分(fēn)辨率展示,Sample courtesy of: Dr. Lin R, NIBS, Beijing, China
本期文(wén)章的簡要分(fēn)析,希望能(néng)對大家研究或選擇有(yǒu)關的技(jì )術能(néng)有(yǒu)個參考,我們下期見。
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